Reinigingsmiddelen verwijderen het vuil uit de leiding maar hebben geen effect op aanwezige ziekteverwekkende bacteriën. Ontsmettingsmiddelen voor drinkwaterleidingen kunnen wél bacteriën doden. Deze middelen worden echter alleen toegestaan wanneer ze een positieve beoordeling hebben gekregen van het Ctgb. Elk ontsmettingsmiddel moet een duidelijk gebruiksvoorschrift hebben inclusief een etikettering met een N-nummer.
Het regelmatig zuiveren van de drinkwaterleiding is belangrijk vanwege de aanwezige biofilm. Deze biofilm bevat naast bacteriën een soort suikerlaag en ook mineralen waaronder ijzer, mangaan en kalk. Het afbreken van de biofilm is lastig. Pulserend met hoge druk water door de leiding spoelen is een manier om de biofilm af te breken en ook het inzetten van ontsmettingsmiddelen. Het verwijderen van de mineralenlaag in leidingen kan met een oplossing van 2 procent citroenzuur.